La presencia de antibióticos en ecosistemas acuáticos y terrestres constituye un tema que genera una preocupación creciente aunque se disponen de datos científicos limitados así como de estrategias de eliminación para prevenir los problemas asociados como el de las resistencias a los antibióticos por consumo de dosis subclínicas de manera repetida. Uno de los sistemas de producción de alimentos más importantes en España, es el de las áreas de producción hortícola intensiva con escasos recursos hídricos (Sureste Español) en los que este problema se plantea de manera preocupante. Por un lado, por la utilización de aguas residuales regeneradas que sirven para un uso eficiente del riego y de la fertirrigación y que pueden contener pequeñas concentraciones de antibióticos. Por otro, las enmiendas y abonos orgánicos de origen animal, que sirven para una restitución de la fertilidad de los suelos y una fertilización más sostenible, pero también pueden contener residuos de los antibióticos usados en las granjas ganaderas. Esos insumos producen una introducción de antibióticos que los cultivos son capaces de absorber, y pasar a los alimentos vegetales que nutren al consumidor. En este trabajo se presenta una estrategia de biogeofiltro que pretende reducir e incluso eliminar la presencia de antibióticos gracias al efecto combinado de geomateriales nanoestructurados y de ciertas enzimas producidas por hongos ligninolíticos capaces de degradar moléculas orgánicas.