La Agricultura Ecológica se plantea como una alternativa de desarrollo sostenible. La necesidad de equiparar los modelos de producción ecológicos a los modelos convencionales hace necesario la realización de ensayos comparativos para averiguar cuales son los factores más desfavorables de este modelo para realizar la mejora del mismo.

En la Estación Experimental de la Fundación Cajamar se lleva a cabo un Programa de trabajo para el desarrollo de técnicas de cultivo ecológico de hortalizas en invernadero siguiendo el método recogido por el Reglamento CE 2092/91 sobre la producción agrícola ecológica. El objetivo es obtener datos válidos del método de producción de Agricultura Ecológica en invernadero. Para ello se ha desarrollado un programa de rotación de cultivos, teniendo en cuenta los cultivos más representativos de nuestra zona. En todos los ensayos realizados se han comparado siempre dos estrategias de fertilización orgánica u ecológica con respecto a un tratamiento o fertilización convencional (mediante abonos de síntesis), para lo cual el invernadero se encuentra subdividido en doce parcelas elementales (cuatro por cada tratamiento de fertilización) y tres sistemas de riego independientes, realizándose el manejo de plagas y enfermedades en común conforme al Reglamento CE 2092/91.

En la campaña de otoño 2007/2008 se realizó un cultivo de tomate en ramo, teniendo serios problemas con Botritys cinerea al final del ciclo de cultivo, mermando la producción final sin lograr minimizar los daños con la aplicación de los tratamientos fungicidas realizados con materias activas recogidas en el Anexo II A del Reglamento 20092/91. Es necesaria la realización de un seguimiento continuo de plagas y enfermedades para medidas preventivas así como seguir ensayando materias activas recogidas en el Reglamento CE 2092/91.